1、定义不同：

高新技术企业是指在《国家重点支持的高新技术领域》内，持续进行研究开发与技术成果转化，形成企业核心自主知识产权，并以此为基础开展经营活动，在中国境内(不包括港、澳、台地区)注册的居民企业。

科技型中小企业是指依托一定数量的科技人员从事科学技术研究开发活动，取得自主知识产权并将其转化为高新技术产品或服务，从而实现可持续发展的中小企业;

2、评价要求不同：

科技型中小企业，对职工总数、年销售收入、资产总额有评价要求，而高新技术企业没有以上要求。也就是说，如果突破此项评价标准，高新技术企业不一定是科技型中小企业。高新技术企业，高新技术产品(服务)收入占企业同期总收入的比例不低于60%，而科技型中小企业没有此项评价要求，科技型中小企业只需产品含有科技元素即可。也就是说，科技型中小企业不一定就是高新技术企业。