以周期最长的MUI为例，清真认证流程包括：

1、企业了解清真认证的基本常识，填写申请表;

2、MUI印尼总部审核申请资料;

3、企业签订协议书并预付总费用60%;

4、相关产品领域的MUI专家现场审查工厂，并采集样品以备实验室分析;将有两名印尼穆斯林检察官，一名中国穆斯林随行翻译到工厂检查;

5、审核员将样品送往实验室，进行相关成分分析;

6、审核员将审核报告提交给MUI法塔瓦委员会，由每月一次的法塔瓦会议宣布企业清真认证通过与否;

7、MUI总部颁发电子版证书;

8、MUI总部邮寄纸质版证书。